Por inofensiva que pareza la simple visita a cuevas, la práctica intensiva de esta actividad puede tener resultados funestos para las poblaciones de murciélagos.
Esto no quiere decir que no se visiten las cuevas. Sin embargo, se pueden tomar algunas medidas preventivas para reducir al mínimo el disturbio ocasionado. Las cuevas con colonias importantes de murciélagos deben visitarse lo menos posible y nunca durante la época reproductiva, que para la mayoría de las especies ocurre entre abril y septiembre. Cuando se visiten cuevas con murciélagos, la estadía en las cámaras habitadas por estos debe limitarse al menor tiempo posible. Debe evitarse alumbrar a los murciélagos más allá de lo indispensable o hacer ruidos innecesarios.
Un proyecto de gran valor para la conservación de los murciélagos y que puede llevarse a cabo por personas que frecuentan cuevas es el de organizar un inventario de las especies de murciélagos en las cuevas de Puerto Rico. Esta información sería más valiosa si se complementa con datos sobre la temperatura, humedad y morfología de la cueva, especialmente las dimensiones de la(s) entrada(s).
En ocasiones, algunas colonias del MURCIELAGO DE TECHOS (Molossus molossus) llegan al punto de causar inconvenientes a los residentes de las casas que utilizan como albergue diurno. La única manera efectiva de eliminar este problema es obstruyendo los accesos al albergue. Esto debe hacerse luego de que los murciélagos haya salido para su primer periodo alimentario (véase la parte de identificación). De esta manera se evita la muerte y descomposición de los animales en el techo. Si se observan los agujeros por donde salen los murciélagos, estos pueden taparse, evitando así el regreso de los animales. Si los murciélagos encuentran otras entradas, el proceso puede repetirse hasta excluirlos por completo.
Este proceso puede parecer tedeioso pero la alternativa de envernenar a los murciélagos en el techo sólo detendrá el problema temporalmente, además de causar un problemas higiénico mayor que el que se quiere combatir. Un factor que debe considerarse antes de obstruir el acceso al albergue es la temporada reproductiva. El obstruir el acceso durante estos meses ocasionaría la muerte de las crías en el techo.
Es importante recordar que los murciélagos son el único grupo importante de depredadores nocturnos de insectos. Esto quiere decir que las molestias causadas por las hordas de mosquitos, comejenes, polillas y otros insectos que plagan las residencias por las noches, probablemente, llegarían a niveles insoportables de no ser por la actividad de los murciélagos.